Thomas Anderson est un pirate informatique qui, sous le nom de Neo, est à la recherche du mystérieux Morphius. Celui-ci, tout en lui laissant des messages sur son ordinateur, semble veiller sur lui de loin. Interrogé par des agents d’une
organisation secrète inconnue, Neo est peu après convié par Trinity, une femme dotée de pouvoirs extraordinaires, à une rencontre secrète avec Morphius lui-même. Celui-ci l’informe alors que tout le monde qui l’entoure est en fait une illusion, un univers virtuel créé par des machines. À la suite d’une guerre avec les machines qui a totalement ravagé la Terre, l’humanité est devenue la prisonnière inconsciente d’un gigantesque programme informatique qui gère l’univers virtuel qu’on appelle la «matrice». Certains humains ont réussi à s’enfuir de ce monde virtuel, où ils reviennent de temps en temps pour lutter contre l’empire des machines défendu par leurs agents invincibles. Invité à joindre leurs rangs, Neo accepte. Après un entraînement virtuel, Neo apprend qu’il est probablement l’Élu qui viendra libérer l’humanité du joug de la matrice... Pénétrant alors dans l’univers virtuel, qui leur est pourtant bien réel, Neo,
Morphius et Trinity doivent aller rencontrer l’Oracle qui confirmera la mission de Neo. Mais il y a un traître parmi eux. Morphius est capturé par les agents. Neo trouve alors en lui, guidé par l’amour que lui porte maintenant Trinity, les forces
nécessaires qui le métamorphosent en un être invincible qui réussit à libérer Morphius et vaincre les sinistres agents des machines. Sous son impulsion, une nouvelle réalité virtuelle semble naître...
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