Appleseed prend place en 2131, après que la majeure partie du monde ait été dévastée par la guerre, et décrit la bataille entre l'humanité et les bioroids, une race de robots conçus pour aider des humains dans des tâches domestiques. Mais quand les idéologies changent et l'agressivité monte, l'existence en apparence paisible est brisée.