En 2415, une seule ville subsiste après qu’un virus eut décimé la population de la planète Terre. Dirigée par la dynastie Goodchild, la société vit dans la paix et la prospérité. Seule ombre au tableau : des citoyens disparaissent régulièrement. L’agent secret Aeon Flux reçoit la mission de faire tomber le régime totalitaire. Mais avant qu’elle ne puisse conclure sa mission, elle découvre d’affreux secrets qui mettent sa vie en danger.