Pédo-chirurgienne dans un hôpital catholique réputé, Dana Scully est approchée par le FBI qui désire entrer en contact avec son ex-partenaire Fox Mulder, devenu paria de l’organisme depuis la fermeture du bureau des enquêtes sur les phénomènes paranormaux. La mission qui lui est confiée: authentifier les pouvoirs psychiques d'un prêtre pédophile, le Père Joseph Crissman, qui affirme avoir des visions d'agressions perpétrées contre des femmes disparues mystérieusement, dont une agente du FBI. D'abord réticent à aider l’institution qui l’a éconduit, Mulder finit par s'investir corps et âme dans l'enquête, mais Dana, obsédée par un jeune patient atteint d’une maladie mortelle rare, refuse de se laisser entraîner à nouveau.